2018 m. Antarkties dirvožemio mėginys papildo COVID-19 pandemijos mįslę

Study: Host genomes for the unique SARS-CoV-2 variant leaked into Antarctic soil metagenomic sequencing data. Image Credit: Alex.Munoz / Shutterstock

Sunkaus ūminio kvėpavimo sindromo koronaviruso 2 (SARS-CoV-2) kilmė ilgą laiką buvo diskutuojama tarp mokslininkų. Tačiau ankstesni tyrimai aptiko ankstyvą unikalaus SARS-CoV-2 varianto genetinę medžiagą iš dirvožemio Karaliaus Džordžo saloje, Antarktidoje nuo 2018 m. gruodžio 24 d. iki 2019 m. sausio 13 d. Remiantis šiais duomenimis, Veterinarijos universiteto mokslininkai atliko naujus tyrimus Budapešto medicina teigia, kad naujasis variantas yra susijęs su Homo sapiens, žaliosios beždžionės ir kininio žiurkėnų mitochondrijų genetine medžiaga ir tikriausiai kilęs iš žaliųjų beždžionių ir kininio žiurkėnų kiaušidžių ląstelių Vero E6 ląstelių linijos, kuri dažnai naudojama koronavirusams tirti. laboratorijoje.

Tyrimas: unikalaus SARS-CoV-2 varianto šeimininkų genomai nutekėjo į Antarkties dirvožemio metagenominės sekos duomenis. Vaizdo kreditas: Alex.Munoz / Shutterstock

„Kadangi nėra tikslesnės informacijos apie teršalų mėginius, atsiranda galimybė, kad yra žinomų mėginių, kurie nepastebėjo mūsų dėmesio, arba kad yra neskelbtų rezultatų, kurie gali būti labai svarbūs nustatant SARS-CoV-2 kilmę“, – padarė išvadą. tyrimo komanda. Tačiau mokslininkai įspėja, kad šios išvados yra preliminarios ir nebuvo patvirtintos kaip mokslinis faktas.

Tyrimas „Unikalaus SARS-CoV-2 varianto šeimininkų genomai nutekėjo į Antarkties dirvožemio metagenominės sekos duomenis“ neseniai buvo paskelbtas Research Square išankstinio spausdinimo * serveryje. Siekiant aiškumo, tyrimo išankstinis spausdinimas yra preliminari rankraščio versija, kuri nebaigė kolegų peržiūros žurnale.

Studijų fonas

Antarkties dirvožemio mėginiai, kuriuose yra SARS-CoV-2 sekos fragmentų, buvo išsiųsti į laboratoriją Šanchajuje, Kinijoje, 2019 m. gruodžio mėn. Filogenetinė mėginių analizė rodo, kad tai ankstyvieji variantai, susiję su Pango linija „A“, kuriai būdingos retos mutacijos ir ilga 21761 nukleotido delecija.

Dabartinio tyrimo tyrėjai netiki, kad SARS-CoV-2 atsirado Antarktidoje, tačiau buvo klaidingai priskirti kito SARS-Cov-2 mėginio, sekvenuoto toje pačioje srauto kameroje Sangon Biotech sekos nustatymo įrenginyje, rodmenys. Tikėtina, kad įranga, naudojama duomenims sekti, yra linkusi į indekso šuolius ir klaidingo priskyrimo klaidas, atsirandančias dėl užterštų suporuotų galų mėginių tik su SARS-CoV-2 R2 draugais.

Dabartiniame tyrime siekiama rasti aptiktus virusus turinčių šeimininkų genetinį pėdsaką.

Studijų detalės

Tyrėjai iškėlė hipotezę, kad šeimininko ar šeimininkų genetinė medžiaga taip pat galėjo patekti į virusų sekos nustatymo duomenis. Kadangi žinduolių mitochondrijų genomo dydis yra panašus į koronavirusą, didelė tikimybė, kad vienoje žinduolių ląstelėje bus aprėptas genomas, yra didelė, nes jie turi tūkstančius mitochondrijų su savo genomu.

Išlyginta žmogaus mitochondrijų etaloninio genomo aprėptis R2 sąjunga nuskaitoma iš mėginių SRR13441704, SRR13441705 ir SRR13441708. Vidutinis gylis yra 85, tačiau yra didelių aprėpties svyravimų.

Tyrėjai naudojo dabartinę duomenų bazę, kurioje yra informacija apie visų tipų mitochondrijas, siekdami susiaurinti paiešką tik žinduolių atžvilgiu. Naudodama terminą „Vertebrata“ savo taksonomijoje, komanda nustatė 6158 galimas rūšis. Tada jie palygino stuburinių mtDNR etaloninį genomo rinkinį su viruso genomo mėginių rodmenimis.

Kad išvengtų klaidingų ar klaidinančių rezultatų, mokslininkai apskaičiavo nukleotidų, padengtų mitochondrijų genome, procentą ir vidutinį kiekvienos rūšies nuskaitymų skaičių nukleotide (vidutinis gylis).

Rezultatai parodė, kad RR13441704, SRR13441705 ir SRR13441708 mėginiai buvo gausiausi SARS-CoV-2 nuskaitytuose mėginiuose, palyginti su kitais dviem mėginiais, kuriuose tyrėjai negalėjo rasti SARS-CoV-2 rodmenų. Mėginiuose su SARS-CoV-2 nuskaitymais buvo didesnis mtDNR kiekis.

Be to, tam tikrų rūšių mėginiai su SARS-CoV-2 nuskaitymais turėjo daug didesnę aprėptį nei mėginiai, kurių SARS-CoV-2 nuskaityti nebuvo. Papildomos sąskaitos atsirado iš Homo sapiens, Cricetulus griseus (Kininis žiurkėnas) ir Chlorocebus sabeu (žaliosios beždžionės) rūšys.

Kadangi didelis mtDNR skaičius koreliavo su SARS-CoV-2 kiekio gausa, mtDNR skaitymai greičiausiai buvo gauti iš tų pačių teršalų mėginių. Be to, mokslininkai aiškina, kad tai yra nemažas įrodymas Homo sapiens, Cricetulus griseusir Chlorocebus sabeu rūšys yra aptikto SARS-CoV-2 šeimininkai.

Kadangi nė vienas iš žinduolių negyvena Arktyje, išvados rodo, kad SARS-CoV-2 atkeliavo ne iš Antarktidos, o buvo užterštas jų ląstelių mėginiuose.

Labiausiai tikėtinas scenarijus yra tai, kad jos buvo užterštos ląstelės laboratorijoje, nes kininis žiurkėnas naudojamas tirti kitus beta koronavirusus, tokius kaip MERS-CoV ir SARS-CoV. Žaliųjų beždžionių Vero ląstelių linija naudojama Marburgo virusui tirti.

* Svarbus pastebėjimas

Tyrimų aikštė skelbia preliminarias mokslines ataskaitas, kurios nėra recenzuojamos, todėl neturėtų būti laikomos įtikinamais, klinikinės praktikos / su sveikata susijusio elgesio gairėmis arba laikomos nustatyta informacija.

.

Leave a Comment

Your email address will not be published.